以下是幾種常見用于熒光 PCR 試劑的染料及其原理：

一、SYBR Green I

原理：SYBR Green I 是一種能與雙鏈 DNA 小溝特異性結合的熒光染料。在游離狀態下，它的熒光信號相對較弱，而當 PCR 反應進行，隨著引物延伸，新的雙鏈 DNA 不斷合成，SYBR Green I 就會結合到雙鏈 DNA 上，熒光強度會大大增強，通過檢測熒光信號的變化就能實時監測 PCR 產物量的增加情況。其激發波長通常在 497nm 左右，發射波長在 520nm 左右呈現綠色熒光。不過，它的缺點是特異性稍差，因為只要是雙鏈 DNA 它都會結合并產生熒光信號，所以可能會受到引物二聚體等非特異性雙鏈 DNA 的干擾，在結果分析時需要通過熔解曲線分析等手段進一步區分特異產物和非特異產物。

二、TaqMan 探針

原理：TaqMan 探針是一種寡核苷酸探針，其 5’端標記有報告熒光基團（比如 FAM 等常見熒光基團），3’端標記有淬滅熒光基團（如 TAMRA 等）。在完整的探針狀態下，由于熒光共振能量轉移（FRET）效應，報告熒光基團發出的熒光會被淬滅熒光基團吸收，使得檢測不到報告熒光基團的熒光信號。當 PCR 反應進行到延伸階段，Taq DNA 聚合酶具有 5’→3’外切酶活性，會沿著模板鏈合成新鏈的同時，將與模板鏈互補結合的 TaqMan 探針從 5’端逐步水解切斷，使得報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，FRET 效應消失，報告熒光基團就能發出熒光，熒光信號強度就會隨著 PCR 循環次數增加而增強，從而實現對目標 DNA 序列擴增的實時監測。

三、分子信標（Molecular Beacon）

原理：分子信標是一種呈發夾結構的寡核苷酸探針，其環狀部分是與目標 DNA 序列互補的識別序列，兩端的臂部序列互補配對形成莖干結構。在自由狀態下，由于兩端的熒光基團（5’端標記報告熒光基團，如 FAM 等，3’端標記淬滅熒光基團，如 DABCYL 等）距離很近，同樣基于 FRET 效應，報告熒光基團的熒光被淬滅。當 PCR 反應體系中有目標 DNA 存在時，分子信標會與目標 DNA 序列特異性結合，莖干結構打開，熒光基團和淬滅基團分離，報告熒光基團的熒光得以釋放，通過檢測熒光信號變化來反映目標 DNA 的有無及含量變化，并且其特異性高，對單堿基錯配也有較好的識別能力。

四、蝎形引物（Scorpion Primer）

原理：蝎形引物由一個常規引物和一個發夾結構的探針部分組成，發夾結構的環部是與 PCR 擴增產物特異性互補的序列，其 5’端標記有報告熒光基團，3’端連接有淬滅熒光基團，且在莖干部分還有一段能與引物延伸產物互補的序列。在 PCR 反應初期，引物參與延伸反應合成新鏈，當新鏈合成到一定程度后，蝎形引物的探針部分會與新合成鏈中的互補序列結合，形成分子內雜交，使得發夾結構打開，熒光基團和淬滅基團分離，熒光信號產生并隨著 PCR 循環次數增多而增強，從而實現對目標 DNA 的實時檢測，這種方式將引物和探針功能結合，有助于提高檢測的特異性和靈敏度。

五、熒光共振能量轉移（FRET）雜交探針

原理：通常使用兩條寡核苷酸探針，一條探針的 5’端標記有供體熒光基團（如 fluorescein 等），另一條探針的 3’端標記有受體熒光基團（如 Cy5 等）。在溶液中，兩條探針分別獨立存在時，供體熒光基團在激發光激發下發出的熒光能被檢測到。當兩條探針同時與目標 DNA 序列特異性結合，且兩條探針之間的距離合適（一般在 10 - 100 ? 之間）時，就會發生 FRET 現象，供體熒光基團將能量傳遞給受體熒光基團，使得受體熒光基團發出特征性熒光，通過檢測受體熒光基團的熒光信號變化來對目標 DNA 進行定性和定量分析，這種方法特異性也較好，對檢測復雜樣本中的目標序列有優勢。

不同的熒光染料或探針有著各自的特點和適用場景，在實際的熒光 PCR 實驗中可以根據具體需求來選擇應用。